Markus Antony studierte Volkswirtschaftslehre an der Universität Bonn (Diplom). Anschließend unterstützte er ab 2009 den Aufbau des dort neu gegründeten interdisziplinären Center for Economics and Neuroscience (CENs) und übernahm eine Schlüsselrolle in der Institutsverwaltung. Mit der Ausgründung des Forschungsfeldes Behavioral Economics des IZA als eigenständiges briq Institute on Behavior & Inequality verantwortete er dort ab 2016 zunächst als Science Manager und mit Abschluss seiner Promotion ab 2020 als Head of Scientific Management die Schnittstelle zwischen Forschung und Administration. Nach der erfolgten Fusion von briq und IZA ist er ab 2024 am IZA für die Integration und Weiterentwicklung der Forschungsaktivitäten zuständig.